1950年6月25日，朝鲜内战爆发。美国公然出兵干涉，朝鲜半岛局势日益严重。
为了应付朝鲜战场可能发生的变化，7月13日，中央军委作出《关于保卫东北边防的决定》，正式组成东北边防军，以备支援朝鲜和保卫中国边境的安全。中南局军政委员会第一副主席邓子恢积极支持中央军委的决定，即按照中央军委的命令，安排第十三兵团第四十军从广州调辽宁安东，第三十八军、第三十九军从洛阳等地调辽宁。同时，还应四野中的朝鲜籍战士的请求，组织他们回国抗战。
8月27日，他接到中央通知，要他就应付朝鲜战争爆发后的时局和制订三年计划等几个重要问题，准备意见，于9月底赴京参加政治局扩大会议。10月8日，中央作出抗美援朝的决策。
10月上旬，他在赴京参加中央政治局扩大会议返回汉口后，立即召开中南局委员会扩大会议，传达中央作出的抗美援朝的战略决策。会议结束时，邓子恢发表了讲话。他认为，中央决策现在出兵朝鲜是极为有利的。出兵是为了制止战争，为保卫我国安全，为维护亚洲、世界和平。他说，救邻即救己，卫国即保家。他对当前的工作作了部署，要求立即在人民群众中进行政治动员；防止敌人在广东登陆；普遍组织民兵；搞好剿匪、肃特、镇压反革命；抓紧土地改革；加强财务工作。以此安定人心，稳定革命秩序。
10月19日，中国人民志愿军跨过鸭绿江开赴朝鲜战场，邓子恢和中南局的其他领导同志，立即领导全区人民掀起了抗美援朝爱国运动的热潮。他们指导各级党委和政府开展广泛的宣传活动，组织干部、群众进行时事学习，清除某些人的亲美、崇美、恐美思想，分清敌我，树立起民族自尊心和自信心。各界人士和广大群众对美帝国主义的侵略表现了巨大的正义愤怒，纷纷组织游行示威，通过各种形式向美帝国主义提出抗议，向人民政府表示决心。
1951年元旦刚过，1月3日，邓子恢主持中南局常委会，讨论把已开展起来的抗美援朝爱国运动引向深入的问题。他说，进行爱国主义思想教育，要有重点，有典型。工厂要结合生产竞赛，农村要结合剿匪反霸、减租减息、土地改革，学校要结合青年报名参加军事干校，工商业者要结合稳定物价。这样，抗美援朝爱国运动在各阶层人民中又有了发展，最突出的是学校学生积极报名参加军事干校。邓子恢很兴奋。1月15日，他得知武汉市举行大会欢送学生参加军事干校，连忙赶到会场，表示热烈欢送，还兴致勃勃地挥毫题词：“保持爱国热忱，认真学习军事知识，发扬革命的共产主义，捍卫祖国，捍卫和平。”他还亲手为参加军事干校学生代表戴大红花，勉励他们革命到底。
他从各地的情况报告中，得知抗美援朝爱国运动，在工厂、机关开展比较差，3月5日，就在中南局委员会扩大会议上提出：耍把运动普及到每个角落，普及到工人、农民、学生、工商业者、宗教界、机关干部、军队，形成最广泛的抗美援朝爱国统一战线。现时工厂比学校差，机关更是死角，应该消灭这一死角。中南局、中南军政委员会机关要组织学习委员会，联系土地改革和镇压反革命进行学习。他说，抗美援朝爱国运动是一切工作的原动力，要在4、5两月形成高潮。办法是召开抗美援朝爱国运动代表会议和培养宣传员，使之普遍推行；并用开展控诉、诉苦运动，使之深入。在他的主持下，中南局发了《关于在工人中加强抗美援朝思想教育与开展爱国主义生产竞赛的指示》。一个“抗美援朝，增加生产”“工场即战场”的生产竞赛运动，就在工厂普遍开展了起来。
4月29日，武汉市各界人民举行大会热烈庆祝“五一”劳动节。他精神抖擞出席大会，并发表了热情洋溢的讲话，对抗美援朝爱国运动的思想教育工作，又提出新的要求。他说，我们要在广大城乡人民中开展时事教育，发动订立爱国公约，举行关于日本问题的投票和拥护缔结和平公约的签名，反对美国侵略朝鲜、台湾，反对美国武装日本。我们每个人都要站在爱国主义的旗帜下，工人们努力生产，农民们抓紧春耕，学生们认真学习，工商业者及时纳税。从此，全区人民普遍开展了订立爱国公约运动，开展了反对武装日本的投票和拥护缔结和平公约的签名，还开展了捐献飞机大炮运动，开展了优待军烈属工作。
5月18日，以砦川若为首的中国人民志愿军归国代表团抵达武汉，邓子恢亲自到码头迎接，在鞭炮、鼓乐、欢呼声中，同代表们一一握手，称赞他们是“祖国的骄傲”，并安排他们到全区各地作巡回报告。全区1000万人听了他们的报告。他们的每个胜利，他们的英雄事迹，他们的机智、勇敢、忠心为祖国的战斗精神，都成了抗美援朝思想教育的活教材。他们走到哪里，哪里的抗美援朝爱国运动便深入地开展，爱国捐献热潮逐浪高。
著名豫剧演员常香玉用演出收入为中国人民志愿军捐献了一架飞机，邓子恢称赞不已。10月上旬，常香玉率团来汉演出，他从北京参加完中央政治局扩大会议一返汉口，就亲切地接见了常香玉。
“欢迎你，常香玉同志！你这一来，对中南全区的抗美援朝工作将是一个推动，也给我们文艺工作的同志带了个好头！”常香玉赶忙说：“你太夸奖了，邓老！”
“你热爱新中国，用演出收入捐献了一架飞机，真了不起，我们向你学习！”常香玉说：“这是应当做的。在旧社会谁把我们当人看呢！如今刚刚见到天日，帝国主义想卷土重来，我们能答应吗！”“应该这样看，你还年轻，来日方长啊！”他转向工作人员说：“她们是北方人，给调剂些面粉，让她们吃好，住好，休息好，把戏演好，捐献工作才能做好，这叫五好！”他说罢哈哈大笑，在座的人也都大笑起来。邓子恢的亲切接见，热情谈话，温暖了常香玉的心，激励着常香玉再接再厉。
在进行抗美援朝爱国运动政治动员的同时，担任四野、中南军区第二政治委员的邓子恢，非常关注华南沿海的安全。考虑到台湾国民党反动派有策应侵朝美军，进犯华南沿海的可能，他根据中央军委主席毛泽东的指示，开始调兵遣将，集中兵力于广东方面，以应付突然事变。他在1950年9月13日和11月13日两次向毛泽东报告了军事的部署，并提出建议。毛泽东都复电同意。
毛泽东对广东边防有些放心不下，1个多月以后，即12月29日，致电邓子恢说：“对桂粤湘3省剿匪仍望加紧督促，务于5月31日前彻底完成剿匪任务，使广西1个军（是否四十五军适宜）及二十一兵团能于6月上旬集中梧州地区待命调动入粤，应付可能发生的事变。湖南应准备以1个军至迟于5月间最好能在3、4月间集中郴州衡州线上待命。总之，广东有事须由四野负责独立应付，保证战胜可能入侵之台湾匪军，巩固广东防务，望按此方针筹划剿匪工作及兵力部署。”1951年1月11日，邓子恢电告毛泽东，他们已经安排，从4月起，可集中应付广东方面情况的计有四十一、四十三、四十四、四十五、四十六、四十八军6个军。6月起可增加四十七军2个师。毛泽东当时复电，即照计划执行。
他根据毛泽东的指示，1月14日，令现在淡水、平山、潮汕一线之第四十一军向潮安、汕头地区集中；调湖南之四十六军全部向海陆丰及陆丰东北之流沙、葵潭一线集结；令四十四军全部集结于石龙、惠阳、博罗地区，以一个师接管大亚湾地区防务；四十八军之1个师提前集中，2个团进到韶关地区。各军迅速集中，严阵以待。
邓子恢还在1950年12月中旬派员对海防工作进行了一个月的检查之后，1951年1月7日，就海防守备问题向中央军委提出了报告。报告说，（一）强调重点守备，实行核心式的阵地领导，减少一线兵力，掌握雄厚的机动兵力。（二）地方部队大部担任海防守备任务，解放军大部为机动部队。（三）沿海虎门、榆林等要塞是带有独立性的，应形成一个坚强的要塞防守地带。（四）对海外岛屿守备部队作两个预定方案，领导上应作好作战不利情况下撤退的准备，而对守岛部队则应强调坚守，珠江口外各岛屿必须坚决固守，要作物质准备。毛泽东1月24日复电指示：虎门要塞修建计划已定。对海外守岛部队做出两个方案是对的。珠江口外各岛中必须坚守者，应有物质准备，也是对的。但榆林港是否照虎门那样建筑一个炮兵团的要塞，要考虑；汕头至大亚湾一线及其他海岸线与内地，根本不要筑什么工事或要塞，敌来让登陆，并须诱其深入，然后聚而歼之。军队须离海岸线驻在便于按照上述意图歼灭敌人的适当地点，从事整训，不要去守海岸线。邓子恢对毛泽东的指示敬佩不已，说，我们打了二十几年的仗，忽然把经验都忘了，兵力、工事都是一线式的，企图到处拒敌于海上。他按照毛泽东的意图，对海防守备部署作了某些调整。部队就地开展整训，树立仇美、敢打思想，设观察站，熟悉战场，预定作战方案，布置防空，修筑工事，练兵热火朝天。毛泽东得知这一情况，表示欣慰。
朝鲜内战爆发，特别是美帝国主叉侵略军在仁川登陆以后，国民党反动派遗留下的土匪加紧了活动，准备迎接台湾国民党反动派“反攻大陆”。广西的匪患最为严重，袭击县、区、乡政府，杀害干部，抢劫粮库，破坏交通，既扰乱了社会秩序，也分散了为应付台湾国民党可能对华南沿海的进犯的力量。毛泽东对此表示了忧虑，并要邓子恢加强对华南分局工作的领导。邓子恢根据毛泽东加速剿匪的指示，决定对股匪仍实行军事进剿，并派中南军区兼四野政治部主任陶铸去广西帮助剿匪工作。陶铸到后，实行更大集中兵力与更好组织党政民财力量的配合；实行镇压、收枪、反霸、地方武装建设等几项主要政策，到12月31日止，歼匪6万余，杀了一批匪首及其他反动分子，情况为之一变，匪焰大降，民气大伸。邓子恢异常高兴，这样，就可以考虑让四十五军提前集中梧州地区，待命调入广东方面，以加强广东应付可能发生的事变的力量。邓子恢很看中陶铸，1951年1月30日，因广西省委书记张云逸有病去广州休养，经毛泽东提议，他决定陶铸代理广西省委书记，主持广西的全面工作。同年11月，经叶剑英提议，他又调陶铸任华南分局第四书记，主持广东的土地改革工作。
《邓子恢传》编辑委员会